Valtakunnallisten luonnonsuojeluohjelmien toteutuminen eli suojelualueiden perustaminen kuvaa erilaisten luonnon monimuotoisuuden kannalta tärkeiden luontotyyppien, lajien ja eliöyhteisöjen suojelutilannetta. Suojelun tarkoituksena on ohjata kyseisten alueiden hoitoa ja käyttöä siten, että pystyttäisiin turvaamaan lajien, elinympäristöjen ja maiseman säilyminen.
Natura 2000 –verkoston lisäksi ohjelmien erityisinä suojelukohteina ovat vanhat metsät, lehdot, rannat, lintuvedet ja suot. Kuvaaja kertoo toteutettujen suojeluohjelma-alueiden kokonaispinta-alan. Alueet on ostettu valtiolle tai niille on perustettu yksityisiä suojelualueita. Tavoitteena on suojella ohjelmilla yhteensä noin 114 000 hehtaaria Varsinais-Suomen ja Satakunnan alueella. Tavoitteesta ollaan alle 10 000 hehtaarin päässä.
Myös metsälaki suojelee erityisen tärkeitä metsäluonnon elinympäristöjä. Tällaisia kohteita ovat rehevät lehtolaikut, pienvesien välittömät lähiympäristöt, ruoho- ja heinäkorvet, saniaiskorvet ja lehtokorvet, letot, pienet kangasmetsäsaarekkeet ojittamattomilla soilla, rotkot ja kurut, jyrkänteet ja niiden välittömät alusmetsät sekä vähätuottoiset kitu- ja joutomaan elinympäristöt. Näiden elinympäristöjen kartoitukset aloitettiin vuonna 1998 ja uusia kohteita tulee edelleen vuosittain mm. metsäsuunnittelun yhteydessä. Vuoden 2011 loppuun mennessä tällaisia elinympäristöjä oli Metsäkeskuksen tiedossa Varsinais-Suomessa 2 119 ha ja Satakunnassa 1 412 ha. Nämä luvut eivät ole mukana kuvaajassa.
Valtaosa luonnosta on kuitenkin kokonaan suojelualueiden ulkopuolella. Jotta monimuotoisuuden väheneminen voidaan pysäyttää, on luonnon monimuotoisuus otettava huomioon kaikessa toiminnassa, erityisesti maankäytön suunnittelussa sekä maa- ja metsätaloudessa.
