Saaristomeri on kokonaisuudessaan rehevöitynyt viimeisten vuosikymmenten aikana. Rehevöityminen näkyy selvimmin rannikon lähellä ja sisäsaaristossa. Veden laatu paranee ulkosaaristoa ja avomerta kohti. 2000-luvun alussa fosforipitoisuuden nousu taittui ja on sen jälkeen pysynyt suurin piirtein samalla tasolla. Ulkoisen kuormituksen lisäksi fosforipitoisuutta nostaa sisäinen kuormitus.
Selkämeri on paikoin rannikkovyöhykettä lukuun ottamatta vähemmän rehevöitynyt kuin Saaristomeri. Selkämertakin rehevöityminen uhkaa, mikä näkyy selvimmin rannikon tuntumassa ja vedenvaihdoltaan sulkeutuneissa lahdissa.
