Kalaisuudestaan tunnetussa Säkylän Pyhäjärvessä kasvukauden ravinnepitoisuudet ovat olleet suhteellisen pieniä, vaikka mm. fosforipitoisuus onkin hieman kasvanut 1980-luvulta. 2000-luvulla vedenlaatu on pitkälti vaihdellut sadannan ja talviaikaisen lämpötilan mukaan: sekä kuivuusjaksot että kylmät talvet vähentävät valuma-alueelta tulevaa ravinnekuormaa.
Voimakkaasti kerrostuvalle Kakskerranjärvelle on ominaista pohjanläheinen hapettomuus syvännealueilla. Tämän seurauksena alusveden fosforipitoisuus kasvaa, mutta tällä ei ole suurta merkitystä koko järven tilavuuteen suhteutettuna. Viime vuosina tapahtunutta kasvukauden fosforipitoisuuden laskua voivat selittää sääolojen lisäksi onnistuneet vesiensuojelutoimenpiteet.
