Vesien- ja merenhoitosuunnitelmilla pyritään säilyttämään pinta- ja pohjavedet hyvässä kunnossa myös seuraaville sukupolville. Päävastuu suunnittelusta on Lupa- ja valvontavirastolla. Vastaavat suunnitelmat tehdään kaikissa EU-maissa kuuden vuoden sykleissä.
Vesienhoitosuunnitelmat sisältävät yleisemmän tason vesitietoa ja ne tehdään kaikille seitsemälle vesienhoitoalueelle. Lounais-Suomen alueelle on laadittu Kokemäen-Saaristomeren-Selkämeren vesienhoitosuunnitelma. Vesienhoidon toimenpideohjelmat sisältävät yksityiskohtaisemmat tiedot tarvittavista vesienhoidon toimenpiteistä. Lounais-Suomeen on laadittu Varsinais-Suomen ja Satakunnan vesienhoidon toimenpideohjelma.
Merenhoitosuunnitelma tehdään Suomen aluevesille ja talousvyöhykkeelle. Sen laatimisesta vastaa ympäristöministeriö yhteistyössä maa- ja metsätalousministeriön ja liikenne- ja viestintäministeriön kanssa.
