Saaristomeren tila on heikentynyt huolestuttavasti viimeisten vuosikymmenten ajan. Suurin ongelma on ihmistoiminnan aiheuttama rehevöityminen, joka on seurausta mereen tulevista liian suurista fosforin ja typen määristä. Meren ravinnekuormitus moninkertaistui viime vuosisadalla, kun kasvaneiden kaupunkien sekä teollisuuden jätevesiä on johdettu mereen ja kemiallisia lannoitteita on otettu käyttöön maataloudessa.
Ilmastomuutoksen aiheuttama meren lämpeneminen on vielä pahentanut tilannetta viime vuosikymmeninä. Rehevöitymisen lisäksi Saaristomeren tilaa uhkaavat monet muut tekijät kuten haitalliset aineet, ruoppaukset, roskaantuminen, vedenalainen melu ja vieraslajit.
Vaikka meriluonnon tila on heikentynyt monilla alueilla, on luonnonsuojelun toimenpiteiden toteuttaminen edennyt viime vuosina rivakasti Saaristomerellä. Esimerkiksi METSO-ohjelma on lisännyt merkittävästi Saaristomeren alueen suojelupinta-alaa.
Varsinais-Suomen Maakunnan tila julkaistaan kaksi kertaa vuodessa. 5.12.2022 maakuntavaltuuston kokouksessa julkaistun katsauksen Saaristomeren tilaa ja tulevaisuutta käsittelevän analyysin on tuottanut Varsinais-Suomen ELY-keskus.
